Se encuentra en las faldas del monte Gibralfaro, en una posición elevada pero contigua y unida al centro histórico de la ciudad, lo que constituía la antigua medina de Málaga y en cuya cumbre se halla el Castillo de Gibralfaro.
La alcazaba fue construida entre el siglo X-XV
Ocupaba el extremo oriental del desaparecido recinto amurallado de la ciudad, de manera que los frentes de mediodía, poniente y norte quedaban a intramuros. Su superficie actual de 15.000 metros cuadrados no alcanza ni siquiera la mitad del tamaño que poseía en su época de esplendor, como demuestran los planos históricos conservados.
De los 15.000 metros cuadrados de espacio interior que se conservan en la actualidad, 3.478 son de construcciones que podríamos calificar como civiles, 3.516 de edificaciones de carácter militar y el resto es superficie no edificada.
Según el arquitecto restaurador, D. Leopoldo Torres Balbás, la Alcazaba de Málaga es el prototipo de la arquitectura militar del periodo taifa, siglo XI, con su doble recinto amurallado y gran cantidad de fortificaciones, siendo su único paralelo el castillo del Crac de los Caballeros (Siria) siglos XII y XIII.
Algunos historiadores musulmanes afirman que fue el rey de taifas bereber, Badis ben Habus, quien ordenó construir la Alcazaba, usando para su embellecimiento mármoles, columnas y estatuas del teatro romano adyacente, pero estudios posteriores ponen en tela de juicio esta afirmación ya que existen indicios que plantean que en vez de una labor de construcción, se trató de una restauración de un antiguo recinto amurallado de origen fenicio-púnico.
Los Almorávides irrumpieron en ella en 1092y los Almohades en 1146. Posteriormente, en 1279, es rendida a Muhammad II Ben al-Ahmar y pasa a formar parte del reino Nazarí.